Mutterpfarrei von St. Jakob war die Pfarrei St. Peter in St. Die wohl bald nach Errichtung der Neustadt 1218 erbaute und 1288 erstmals urkundlich erwähnte Kirche St. Jakob wurde schon seit 1365 gelegentliche als Pfarrkirche bezeichnet, weil die Pfarrer bei ihr ihren Sitz nahmen, vor allem, nachdem um 1400 mit dem Bau einer neuen Kirche St. Jakob begonnen worden war. Die in dieser Kirche erhaltenen Grabsteine von Seelsorgern aus dem 15. Jh. lassen darauf schließen, dass St. Jakob zu dieser Zeit de facot die Funktion einer Pfarrkirche von St. Peter übernommen hatte. Es wird aber dennoch bis weit ins 16. Jh. größtenteils St. Peter als alleiniger oder zumindest vorrangiger Pfarrsitz angegeben. Erst im Zusammenhang mit der 1581 vorgenommenenn Verlegung des Anfang des 11. Jh. in Pfaffmünster gegründeten Kollegiatsstifts St. Tiburtius an die Kirche St. Jakob erfolgte die Festlegung zweier getrennter Pfarrsprengel, wobei beide Pfarreien dem Stift inkorporiert wurden. Die Quellen sprechen dabei von einer bereits vorhandenen Pfarrei St. Jakob und einer neuen Pfarrei St. Peter, was nur dann den Tatsachen entspräche, wenn tatsächlich jemals eine offizielle Verlegung des Pfarrsitzes erfolgt wäre - wofür es keinen Beleg gibt. Johann Jakob Rabus war der erste Pfarrer von St. Jakob nach dieser Trennung. Das Stift besetzte die Pfarrei bis zur Säkularisation immer mit seinen eigenen Kanonikern. Danach ging das Besetzungsrecht an den Landesherren, 1918/28 an den Bischof über. - Die Pfarrei in Sazzowe, die um 1140 an das Kloster Windberg gekommen war, wurde nach dessen Aufhebung 1805 zerteilt. Niederhartzeitldorn (Unterzeitldorn), Gollau, Bielhof, Ober- und Unterharthof kamen zur Pfarrei Pfaffmünster, während der bisherige Pfarrsitz in Sossau (seit ca. 1300 Walfahrtsort) St. zugeteilt wurde. 1835 wurde die Expositur Sossau errichtet, die 1855-1922 von Karmeliten versehen wurde. 1921 erhielt sie Bielhof, Gollau und (Unter-) Zeitldorn zurück. 1926 wurde Hornstorf von St St. Peter nach St. Jakob umgepfarrt und der Expositur Sossau zugewiesen. - Frauenbründl (Wallfahrt vmtl. schon seit dem Spätmittelalter) wurde 1928 von Alburg nach St. umgepfarrt. Es wird heute zum engeren Stadtgebiet von St gezählt. - Öberau ist seit ca. 1600 Marienwallfahrtsstätte. - Seit der Übertragung des 1442 bei Heilbronn aufgefundenen Gnadenbildes "Maria zu den Nesseln" 1661 in die Karmelitenkirche Straubing wird diese ebenfalls von Wallfahrern besucht. - Für die 1930 erbaute Kirche St. Josef in Straubing-Süd wurde 1931 ein eigener Seelsorger samt Seelsorgebezirk eingerichtet. 1937 wurde St. Josef zur Pfarrkuratie erhoben. - Die Mitte des 17. Jh errichtete Spitalpfarrei wurde 1926 in ein Provisorat umgewandelt und der Aufsicht des Pfarramts St. Jakob unterstellt. Die Seelsorge wurde 1970 bis in die jüngste Vergangenheit von den Karmeliten ausgeübt. - Von 1631 bis 1773 bestand eine Niederlassung der Jesuiten (Mitarbeit in Seelsorge, Betrieb eines Gymnasiums). - Mallersdorfer Schwestern 1860-1987 (karitative Einrichtungen, u.a. Taubstummenanstalt, Bfl. Studienseminar, Marienstift). - Der im 13. Jahrhundert entstandenen Priesterbruderschaft St. Salvator, die 1450 ihren Sitz zu St. Veit, später Nebenkirche von St. Jakob, nahm, gehörten 1997 noch etwa 70 Priester und 450 Laien in ganz Bayern an.
Matrikel: Die Expositur Sossau führte auch eigene Matrikel (s. d.).
Ortschaften in der Pfarrei (Stand 1997): Straubing (Teil), Innerhienthal, Kagers, Mitterast, Öberau.
