1275 wird eine Burgkapelle erwähnt, 1459 das Patrozinium Unsere Liebe Frau. Die Kapelle wurde 1331 dem Kloster Söflingen inkorporiert. 1724 wurde diese abgebrochen. Ehrenstein war zunächst Filial der Pfarrkirche in Ulm, ab dem 14. Jahrhundert dann der Pfarrei Harthausen und ab 1815 der Pfarrei Herrlingen. 1958 erfolgte die Erhebung zur eigenständigen Pfarrei. Die alte Pfarrkirche zu St. Martin von 1723 wurde 1985 abgebrochen und 1982 durch einen Neubau ersetzt.