883 vertauschte Bischof Ambricho namens des Klosters St. Emmeram Güter u. Kirche in Altheim an den Chorbischof Hunrich auf Lebenszeit. Bis in die Mitte des 12. Jhs bildete wohl die zwischen den beiden Kirchen St. Andreas u. St. Peter in A verlaufende alte Römerstraße die Diözesangrenze zwischen Freising u. Regensburg. 1226 trat Bischof Konrad IV. die ehemals bischöfliche Pfarrei A gegen die im Bistum Passau gelegene Kirche Pöchlarn in Niederösterreich an sein Domkapitel ab. Die Päpste Gregor IX. u. Innozenz IV. bestätigten 1234 bzw. 1250 dem Domkapitel den Besitz der Kirche in A. 1350 wird Heinrich der Wertinger als Pfarrer zu Althaim aufgeführt (LUB 296). Das Besetzungsrecht übte bis 1780 das Domkapitel aus, dann sollte der Landesherr in jedem dritten Erledigungsfalle das Präsentationsrecht ausüben dürfen. Nach der Säkularisation lag das Besetzungsrecht beim König, seit 1918/28 hat der Bischof das freie Verleihungsrecht. - Seit dem 18. Jh waren Eremiten an der Nebenkirche St. Andreas in A tätig. - Essenbach, Mirskofen, Artlkofen u. Bruckbach werden 1508 als Filialen von A bezeichnet. Der Filialkirchenbezirk Essenbach mit den Ortschaften Essenbach, Hirnkofen, Oberahrain, Unterahrain, Oberwattenbach, Unterwattenbach, Unterunsbach, Oberunsbach, Westen, Wattenbacherau u. St. Wolfgang wurde 1922 zur eigenen Pfarrei Essenbach erhoben. - Mit der Errichtung der Pfarrkuratie Ahrain 1964 schieden die Orte Ohu u. Gaden aus dem Pfarrverband A aus. - Der Filialkirchenbezirk Mirskofen wurde 1968 mit den Ortschaften Artlkofen, Bruckbach, Steinmühle, Ginglkofen, Pettenkofen, Gaunkofen u. Kreut in der Pfarrkuratie Mirskofen zusammengefasst. - Zwischen 1759 u. 1764 war der spätere Weihbischof Valentin Anton Frhr. v. Schneid Pfarrer in A. Heute Pfarreiengemeinschaft Altheim-Ahrain.
Matrikel: Bis 1922 einschließlich Essenbach.
Ortschaften in der Pfarrei (Stand 1997): Altheim, Duniwang, Holzen, Koislhof, Lengermühle, Oberholzen.
